Den Schülerinnen und Schülern der Sekundarstufe bietet die Schule Fehraltorf neben dem regulären Unterricht zahlreiche Frei- und Wahlfächer sowie freiwillige Kurse an. Diese werden entweder als Jahres- oder als Semesterkurse geführt.
Dank dieses vielfältigen Angebots haben die Jugendlichen die Möglichkeit, sich in den Bereichen Handarbeit, Hauswirtschaft, in Sprachfächern, Gesundheitserziehung, gesellschaftlichen und geschichtlichen Themen und Sport zusätzliche Fähigkeiten anzueignen beziehungsweise zu vertiefen. Dadurch kann ein Ausgleich zu den mehrheitlich kognitiven Schulfächern geschaffen werden. Das Angebot ändert von Jahr zu Jahr und hängt von Angebot und Nachfrage ab. Die Anmeldung zu Frei- und Wahlfächern ist verbindlich; nachträgliche Abmeldungen sind ausschliesslich in gut begründeten Fällen möglich. Alle Frei- und Wahlfächer werden im Zeugnis benotet.
Jeweils im zweiten Semester können sich die Jugendlichen der 6. Klasse bzw. der 1. Klasse der Sekundarschule für die Freifächer Handarbeit textil anmelden, die im darauffolgenden Schuljahr in den Stundenplan integriert werden.
Gemäss der Neuorganisation des 9. Schuljahres (Volksschulgesetz) erfolgt im 8. Schuljahr als Standortbestimmung der obligatorische Stellwerktest. Die Auswertung dieses Tests und die persönlichen Berufsabsichten ergeben eine individuelle Belegung der Wahlfächer im 9. Schuljahr. Diese Wahl wird in einem gemeinsamen Elterngespräch (Standortgespräch) getroffen und ist für das 9. Schuljahr verbindlich. Projekt- und Atelierunterricht sind Lerngefässe, bei denen die persönlichen Zielsetzungen und Vorgaben (in hohem Masse) in Eigenverantwortung erfüllt werden können.